مراسم تشییع سید جلال‌الدین طاهری یک روز پس از درگذشت وی در تاریخ ۱۴ خرداد ۱۳۹۲ در اصفهان برگزار گردید.
وی در سن ۸۷سالگی و پس از بیماری تنگی نفس در بیمارستان الزهرای اصفهان دار فانی را واع گفت. از آنجا که وی یکی از روحانیون حامی اصلاح طلبان بود و در همین راستا یک دهه قبل از سمت امامت جمعه اصفهان استعفا داده بود، مراسم تشییع وی به یکی از اجتماعات بزرگ پس از رویدادهای پس از انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۸۸ تبدیل شد. محمد نوری زاد که خود نیز در این مراسم حضور داشته است گفت:" این مراسم، اولین حرکت پرجمعیت مردم اصفهان پس از ماجراهای سال ۱۳۸۸ بود." وبگاه کلمه جمعیت شرکت کنندگان را دهها هزار تن برآورده کرده است. میرحسین موسوی در جریان انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۸۸ به دیدار وی رفته بود.
وبگاه جرس نوشت که وی وصیت کرده بوده است که در کنار مزار حسین علی منتظری در حرم حضرت فاطمه معصومه در قم دفن گردد اما با مخالف برخی مقامات، نهایتاً فرزندان وی تصمیم به تدفین او در کنار مزار فرزند شهید و مفقودالاثرش سید علی طاهری گرفتند.
